分子雜交爐廣泛地使用于克隆基因的篩選、酶切圖譜的制作、基因組中特定基因序列的定性、定量檢測和疾病的診斷等方面。既可進(jìn)行固相雜交或液相雜交，又可進(jìn)行基因芯片雜交實驗；亦能作酶聯(lián)反應(yīng)孵育器。其基本原理就是應(yīng)用核酸分子的變性和復(fù)性的性質(zhì),使來源不同的DNA(或RNA)片段,按堿基互補(bǔ)關(guān)系形成雜交雙鏈分子(heteroduplex)。雜交雙鏈可以在DNA與DNA鏈之間,也可在RNA與DNA鏈之間形成。
 

　　核酸分子雜交是基因診斷的基本方法之一。它的基本原理是:互補(bǔ)的DNA單鏈能夠在一定條件下結(jié)合成雙鏈，即能夠進(jìn)行雜交。這種結(jié)合是特異的，即嚴(yán)格按照堿基互補(bǔ)的原則進(jìn)行，它不僅能在DNA和DNA之間進(jìn)行，也能在DNA和RNA之間進(jìn)行。因此，當(dāng)用一段已知基因的核酸序列作出探針，與變性后的單鏈基因組DNA接觸時，如果兩者的堿基*配對，它們即互補(bǔ)地結(jié)合成雙鏈，從而表明被測基因組DNA中含有已知的基因序列。由此可見，進(jìn)行基因檢測有兩個必要條件，一是特異的DNA探針;二是基因組DNA。當(dāng)兩者都變性呈單鏈狀態(tài)時，就能進(jìn)行分子雜交。
 

　　分子雜交爐變性DNA只要消除變性條件，二條互補(bǔ)鏈還可以重新結(jié)合，恢復(fù)原來的雙螺旋結(jié)構(gòu)，這一過程稱為復(fù)性。復(fù)性后的DNA，理化性質(zhì)都能得到恢復(fù)。核酸分子單鏈之間有互補(bǔ)的堿基順序，通過堿基對之間非共價健的形成即出現(xiàn)穩(wěn)定的雙鏈區(qū)，這是核酸分子雜交的基礎(chǔ)。雜交分子的形成并不要求兩條單鏈的堿基順序*互補(bǔ)，所以不同來源的核酸單鏈只要彼此之間有一定程度的互補(bǔ)順序就可以形成雜交雙鏈。
 

　　分子雜交可在DNA與DNA、RNA與RNA或RNA與DNA的二條單鏈之間，由于DNA一般都以雙鏈形式存在，因此在進(jìn)行分子雜交時，應(yīng)先將雙鏈DNA分子解聚成為單鏈，這一過程稱為變性，一般通過加熱或提高pH值來實現(xiàn)。使單鏈聚合成雙鏈過程稱為退火或復(fù)性。用分子雜交進(jìn)行定性或定量分析的有效方法是將一種核酸單鏈用同位素標(biāo)記成為探針，再與另一種核酸單鏈進(jìn)行分子雜交。